直属事业单位
防汛办公室：负责编制本区防汛计划，防洪预案，执行上级防汛命令，按防汛计划，防洪预案进行洪水调度；负责本区雨情、水情、汛情的收集、整理、分析及上传下达，确保防汛通讯畅通；编制区内大中型河道、堤防、水库、闸坝除险加固方案并监督实施；负责重点防洪地区、防洪部位的防洪预案的审定与监督实施；负责小清河滞洪区安全建设工作；掌握本区旱情，具体组织本区抗旱工作。
联系电话：69353747
汛期值班电话：69353747
水土保持监督管理站：负责编制本区水土保持规划，对本区水土流失动态进行监测、预报；负责对区内生产建设项目中的水土保持方案的审批；负责本区水土流失治理工程实施监督、检查和验收；依法征收并管理、使用好水土流失补偿费及水土流失防治费。
联系电话：69354497
节约用水办公室：编制本区水资源开发、利用和保护综合规划；依照有关法规编制本区水环境评价报告和年度用水计划，对本区各用水单位下达年度计划用水指标，征收水资源费；对凿井施工单位进行资格审查，审批机井开凿手续，核发凿井许可证；监督取水许可管理制度的实施；坚持节约用水、计划用水，推广先进节水措施及节水新工艺，降低耗水，提高水利用率。
联系电话：69363711
排水管理办公室:负责全区城市排水设施的维护管理；负责全区污水处理设施的监督检查工作；负责全区污水处理费的征缴工作。
联系电话：69381799
资金管理中心:负责局机关和各事业单位的年度预算和年终决算工作；负责财务的收支分配和平衡工作；负责机关固定资产的管理工作；负责水务系统的内部审计工作；负责专项资金的拨付使用和决算工作。
联系电话：69354501
机关服务部：负责机关车辆管理、总务、后勤、内部安全、美化绿化、财产管理和卫生等项工作。
水务中心站
长阳水务站位于房山区长阳镇。水务站下辖长阳、良乡、阎村3个乡镇。 联系电话：80350829
琉璃河水务站位于房山区琉璃河镇。水务站下辖琉璃河、韩村河、窦店镇3个乡镇。 联系电话：89386570
河北水务站位于房山区河北镇。水务站下辖河北、佛子庄、南窖、大安山、史家营、霞云岭6个乡镇。 联系电话：60371181
张坊水务站位于房山区十渡镇。水务站下辖张坊、长沟、大石窝、十渡镇和蒲洼乡5个乡镇。 联系电话：61349481
城关水务站位于房山区城关镇。水务站下辖城关、周口店、石楼、青龙湖镇4个乡镇。 联系电话：89345607
(水务中心站主要职能)
1、负责所辖区域内乡镇村的供水、排水、节水、污水处理、中水利用、地下水回灌工作的统一管理与协调，以及相关专业技术指导和服务工作。
2、有关防汛、抗旱组织机构和水务局的指导下、负责所辖区域防汛、抗旱的协调、组织和相关专业技术服务与指导工作。
3、负责所辖区域小型水利工程和农田水利基本建设的规划、设计、监理工作并对工程施工进行技术指导与服务。
4、负责监督《水法》、《水土保持法》、《防洪法》等有关法律。法规及水土保持生态环境建设工作在所辖区域的贯彻落实,对违反法律、法规和破坏水事秩序的案件进行调并提出处理意见。
5、水务局委托依法征收辖区内水资源费和水土保持补偿费。